Гастроскопия может проводиться с анестезией, под которой подразумевается общий наркоз, внутривенная анестезия. С улучшением медицинских условий и повышением требований пациентов все большее распространение получает безболезненная гастроскопия. Перед исследованием пациенту внутривенно вводится любой наркоз, после чего пациент засыпает, и гастроскопия проводится во время сна пациента, а когда пациент просыпается, исследование уже закончено. Самое большое преимущество безболезненной гастроскопии в том, что она проводится без ведома пациента, пациент не испытывает боли, а у врача есть достаточно времени для тщательного наблюдения, поэтому безболезненная гастроскопия, вероятно, будет лучше и полнее, чем обычная гастроскопия.