В клинической практике обычно применяются различные методы лечения в зависимости от размера и расположения зубчатой аденомы. В случае зубчатых аденом тонкого желудочно-кишечного тракта, если нет таких симптомов, как кровотечение, перфорация или рак, аденома может быть полностью удалена путем эндоскопической дебридментации слизистой оболочки. При этом удается избежать большей травмы, связанной с хирургическим вмешательством, и удалить поражение одновременно. Во-вторых, при больших аденомах желудочно-кишечного тракта слишком глубокое эндоскопическое иссечение может привести к перфорации желудочно-кишечного тракта, а если иссечение слишком мелкое, это может привести к остаточному основанию аденомы. В таких случаях требуется лапароскопическая или открытая операция для удаления аденомы и окружающих ее кишечного канала и стенки желудка. При необходимости для полного удаления аденомы проводится иссечение регионарных лимфатических узлов.