Опасность медикаментозного аборта двояка: во-первых, даже в случае полного аборта вагинальное кровотечение после медикаментозного аборта может быть относительно длительным, например, вагинальное кровотечение может продолжаться до полумесяца или двадцати дней. Такое длительное кровотечение при открытом отверстии матки может привести к ретроградной инфекции, когда бактерии попадают в матку через отверстие шейки матки и затем инфицируют таз, вызывая воспаление таза, что может привести к невообразимым последствиям. Во-вторых, существует вероятность неполного аборта. Неполный аборт требует повторной операции, что также может увеличить вероятность инфицирования и вызвать повреждение слизистой оболочки матки, что приводит к образованию спаек в полости матки. Таким образом, существует две опасности медикаментозного аборта: первая — инфекция; вторая — то, что неполный медикаментозный аборт требует эвакуации.