Передачи заболеваний через гастроскопию не существует. После каждой процедуры гастроскоп подвергается тщательному процессу очистки, который включает в себя несколько раундов промывки. Начальная промывка, ферментативная промывка, окончательная промывка, а между каждой промывкой — процесс дезинфекции, в котором бактерии, вирусы, грибки и т.д. не могут выжить. Перед гастроскопией каждому пациенту необходимо сдать анализы на основные инфекционные заболевания, как правило, на четыре инфекции, такие как ВИЧ, сифилис, гепатит В и С и т.д. Результаты будут соответствующими. Бактерии, грибки или вирусы вряд ли смогут долго выживать после того, как покинут тело или кровь с биологической жидкостью и попадут в воздух. Сам желудок является сильно кислой средой, и в нем выживает очень мало вирусов и грибков, а микроорганизмы, пригодные для выживания в желудке, не выживут при воздействии кислорода. Поэтому проведение гастроскопии безопасно, и никакие заболевания не могут передаваться через этот тест.