Некоторые энцефалиты поддаются лечению, например, легкий вирусный энцефалит, но каждый случай должен быть проанализирован по отдельности. Прогноз энцефалита зависит от причины, вызвавшей заболевание, его тяжести и восприимчивости к лечению. Энцефалиты в основном классифицируются на вирусные, бактериальные, грибковые, паразитарные, а также аутоиммунные и прионные. Каждый тип энцефалита можно разделить на множество категорий в зависимости от возбудителя инфекции, например, энцефалит простого герпеса, цитомегаловирусный энцефалит, септический энцефалит, туберкулезный энцефалит, криптококковый энцефалит и так далее. Тяжесть энцефалита и его восстановление после лечения зависят от первичного источника инфекции, основного состояния здоровья пациента и адекватности лечения. Например, энцефалит, вызванный вирусом простого герпеса, может быть излечен у большинства пациентов, если противовирусное лечение проводится в течение нескольких дней после начала заболевания или если заболевание протекает в легкой форме. Независимо от типа энцефалита, пациентам рекомендуется своевременно обращаться к врачу и получать стандартное лечение под руководством профессионального врача, чтобы избежать задержек.