Гастроскопия для детей в целом безвредна, однако она может вызвать повреждение слизистой оболочки пищевода или желудка, кровотечение и т.д., а также такие неприятные ощущения, как потеря аппетита, тошнота и рвота. Детям с болями в животе, кровью в стуле или рвотой с кровью и другими неприятными ощущениями может потребоваться госпитализация для проведения гастроскопии. Трубка, используемая в больнице для проведения гастроскопии у детей, относительно тонкая, а техника врача также очень искусна, поэтому в целом она не опасна для детей. Тем не менее, при гастроскопии трубка для исследования вводится в желудок непосредственно через рот, поэтому возможно некоторое повреждение пищевода или слизистой оболочки желудка, а также кровотечение, но степень этого повреждения относительно легкая. Дети могут испытывать преходящий дискомфорт, затруднение или потерю аппетита, тошноту, рвоту и другие явления, но обычно они постепенно проходят. Родители детей, которым была проведена гастроскопия, могут проконсультироваться с медицинским специалистом, а если неприятные ощущения сохраняются после гастроскопии, то рекомендуется незамедлительно обратиться за медицинской помощью.