Внутрибольничные инфекции делятся на эндогенные и экзогенные, в зависимости от источника инфекции. Эндогенные инфекции относятся к патогенам, которые находятся в организме до возникновения внутрибольничных инфекций, и когда иммунитет организма снижается, определенные патогены вызывают спонтанные инфекции в организме, что приводит к заболеваемости. Экзогенные инфекции — это инфекции, вызванные патогенами, которые не присутствуют в собственном организме пациента в больнице, обычно вызванные чужеродной средой или флорой, занесенной другими людьми, включая прямые инфекции между пациентами, между пациентами и медицинским персоналом, посетителями или сопровождающими лицами, а также непрямые инфекции, вызванные водой, воздухом, медицинскими приборами, другими предметами и т.д.