Различия между КТ головы и МРТ заключаются в следующем: во-первых, принципы визуализации различны: КТ головы использует для получения изображения различные степени ослабления лучей, проходящих через голову человека, а МРТ использует для получения изображения воздействие магнитного поля на протоны воды в организме. Во-вторых, КТ головы более чувствительна к геморрагическим заболеваниям, таким как кровоизлияние в мозг и субарахноидальное кровоизлияние, которые можно визуализировать немедленно, но КТ головы не является клинически чувствительной к ишемическим цереброваскулярным заболеваниям, которые необходимо визуализировать примерно через 24 часа. Во-вторых, МРТ более чувствительна к ишемическим заболеваниям, например, инфаркт головного мозга может быть визуализирован в течение двух часов, в то время как МРТ не чувствительна к геморрагическим заболеваниям. Наконец, МРТ может более четко выявить внутричерепное профессиональное заболевание.