Заболевания суставов, мышц, костей, хрящей и сухожилий известны как заболевания соединительной ткани из-за большого количества соединительной ткани, содержащейся в этих структурах. Однако многие заболевания соединительной ткани на самом деле являются аутоиммунными заболеваниями, поскольку они связаны с иммунным ответом, при котором соединительная ткань запускает иммунную систему на борьбу с собственными тканями и вырабатывает аномальные антитела для присоединения к этим тканям (аутоантитела). Иммунный ответ характеризуется воспалением, которое при нормальных обстоятельствах представляет собой процесс восстановления тканей и рассасывается после завершения восстановления. Однако воспаление при аутоиммунных заболеваниях является хроническим воспалением, которое часто приводит к повреждению нормальных тканей, как, например, при ревматоидном артрите, когда хроническое воспаление вызывает разрушение суставного хряща. Возможно, именно потому, что воспаление вызывается циркулирующими в крови антителами, при ревматоидном артрите и многих других аутоиммунных заболеваниях воспаление может распространяться на несколько суставов. Соединительные ткани в суставах и вокруг них, а также в других частях тела могут воспаляться. Мышцы, перикард вокруг сердца, внешняя оболочка легких (плевра) и даже менинги на поверхности мозга могут быть поражены воспалением. Тип и тяжесть симптомов зависят от вовлеченного органа (органов).