Причина возникновения эмбриональной рабдомиосаркомы в настоящее время неизвестна, однако некоторые исследования позволяют предположить, что она может быть вызвана геном или хромосомным вариантом. Известно, что некоторые специфические гены или хромосомы связаны с развитием рабдомиосаркомы. Некоторые эмбриональные рабдомиосаркомы имеют полные гетерозиготные делеции в хромосоме 11. Некоторые генетические заболевания и врожденные синдромы связаны с повышенным риском развития рабдомиосаркомы. В настоящее время рабдомиосаркомы классифицируются по гистологическому типу на эмбриональную рабдомиосаркому, везикулярную рабдомиосаркому и мезенхимальную рабдомиосаркому. Эмбриональная рабдомиосаркома, на долю которой приходится 57% всех случаев рабдомиосаркомы, состоит из клеток типа виноградной грозди и веретенообразных клеток, часто встречается в голове и шее, мочевом пузыре, влагалище, простате и яичках и преобладает у детей с рабдомиосаркомой в возрасте до 5 лет. Эмбриональный тип имеет наилучший прогноз среди рабдомиосарком.