Наиболее распространенным осложнением после операции по дренированию желчных путей является стриктура желчного протока, так как обычно требуется рассечение общего желчного протока, литотрипсия и исследование желчного протока. Во избежание утечки желчи в брюшную полость и последующего развития перитонита оставляется Т-образный дренаж для оттока желчи за пределы организма. Со временем это может привести к локальному стенозу желчного протока, а в тяжелых случаях — к вторичному застою желчи и инфекции. Существует также тенденция к утечке желчи в полость брюшины и развитию рестриктивного перитонита, что также может привести к повышению температуры у пациента. Также существует тенденция к тому, что длительное дренирование желчи приводит к нарушениям внутренней среды организма с электролитными нарушениями и дисбалансом кислотно-основного состояния. Поэтому в период лечения также важно регулярно проверять функцию печени.