Малая колоноскопия используется не только для осмотра тонкой кишки, но и для выявления поражений слизистой оболочки желудка и пищевода при входе через рот, а также для наблюдения за поражениями толстой кишки при входе через задний проход. Тонкий энтероскоп используется в основном для исследования поражений тонкой кишки, с его помощью можно наблюдать двенадцатиперстную кишку, спускающуюся к верхней половине тощей кишки, а также ситуацию в подвздошной кишке. При доступе к тонкой кишке могут быть осмотрены и другие ее отделы: при доступе через рот можно обнаружить поражения слизистой оболочки желудка и пищевода, а при доступе через задний проход — поражения толстой кишки. Малая колоноскопия помогает диагностировать заболевания тонкой кишки, хронические желудочно-кишечные кровотечения, может использоваться для удаления полипов и лечения гемостаза, а также для забора тканей из очагов поражения для проведения соответствующих патологических исследований. Поскольку состояние каждого пациента индивидуально, то и метод исследования также различен, и решение о необходимости проведения малой колоноскопии должен принимать медицинский работник.