При клиническом исследовании мокроты, когда мокрота отсутствует, можно отхаркивать мокроту, например, через задний ряд, снизу вверх похлопыванием по спине несколько раз, также можно принять положение тела — голова низко вверх для отхождения. Затем можно выбрать бронхиальную фиброоптическую эндоскопию, под эндоскопией через оптическое волокно отсосать мокроту в дыхательных путях для получения образца мокроты. Клиническое исследование мокроты проводится в основном путем сбора выделений в дыхательных путях, через общую характеристику исследования, включая микроскопическое исследование, исследование на патогены для постановки диагноза и дифференциальной диагностики заболеваний органов дыхания. С помощью этих способов можно получить мокроту для достижения цели исследования мокроты для подтверждения диагноза причины заболевания.