Лечение в основном начинается с трех аспектов: во-первых, прекращение приема всех антипсихотических препаратов; во-вторых, проведение поддерживающей симптоматической терапии, такой как: кислород, регидратация, коррекция водно-электролитных нарушений, охлаждение (поскольку высокая температура при злокачественном синдроме является центральной гипертермией, лекарственное лечение часто неэффективно, и лучше всего использовать подушку со льдом, мешок со льдом и другие физические методы охлаждения), антиспазматические средства, профилактика инфекций; в-третьих, использование препарата, стимулирующего функцию центрального дофамина — бромокриптина, а лечение злокачественного синдрома предпочтительно проводить в отделении реанимационной медицины.