Кашель при пробуждении и кашель перед сном следует рассматривать как заболевания органов дыхания, распространенные хронические фарингиты, риниты, синуситы с острым приступом, а также острые риниты, синуситы, в том числе рефлюкс-эзофагиты, осложняющие рефлюкс-фарингит. Вследствие воспалительной реакции происходит обильная экссудация секрета дыхательных путей, в том числе пищеводного, желудочной кислоты и т.д., который в положении лежа стремится попасть в глотку, раздражая заднюю стенку глотки и вызывая кашлевые симптомы. Ночью симпатические нервы человека также относительно возбуждены, секреция желез, расположенных в дыхательных путях, энергична, и секреция желез увеличивается. При пробуждении скопившиеся за ночь выделения также будут раздражать стенки глотки, усугубляя симптомы кашля.