Вагинальное УЗИ может проверить наличие многих проблем с яичниками. УЗИ яичников через влагалище позволяет увидеть развитие фолликулов, поэтому под вагинальным УЗИ можно следить за развитием фолликулов и овуляцией, что является очень точным и полезным для руководства зачатием. Вагинальное УЗИ также позволяет визуализировать кисты или твердые опухоли яичника и определить, являются ли они кистозными изменениями или твердыми опухолями яичника, что может быть частично полезно для определения их доброкачественной или злокачественной природы. Вагинальное ультразвуковое исследование яичников, если оно выявляет шоколадные кистозные изменения в яичниках, имеет диагностический выход около 96% для шоколадных кист яичников. Шоколадные кисты яичников являются эндометриозом яичников, что означает, что выстилка матки эктопирована внутрь яичников, и каждый месяц эктопическая выстилка также кровоточит с началом менструации. Это состояние может быть диагностировано с помощью ультразвука с 96%-ным процентом соответствия, а окончательный диагноз подлежит хирургическому лечению.