Для лечения микобактерий у женщин можно выбрать системные и местные препараты. Системные препараты могут назначаться в виде таблеток флуконазола 150 мг в однократной дозе или таблеток микофенолата 50 мг перорально 3 раза в день; вагинальные пробки могут назначаться в виде пессария клотримазола вагинально или мази диазоксида вагинально. Поскольку пероральные препараты против микобактерий сильнее раздражают желудочно-кишечный тракт, женщины предпочитают лечить микобактериальный вагинит вагинально. Если споры отрицательны, рекомендуется закрепить лечение еще одним курсом, а два последовательных отрицательных теста считаются излечением.