Небулизация — это только форма доставки лекарств, а не лечение само по себе. Возникнут ли побочные эффекты при небулизации и какие именно, зависит от используемого лекарства. Теоретически, все лекарства имеют определенные побочные эффекты, вероятность которых сильно зависит от продолжительности и интенсивности применения, в частности, четыре основных класса лекарств, используемых при небулизации: бронхолитики, глюкокортикоиды, флегмолитики и антибиотики. Например, бронхолитики — это в основном бета2-агонисты, которые при длительном применении могут вызывать тремор рук. Глюкокортикоиды, лечение которыми проводится путем длительных небулайзерных ингаляций, могут вызывать грибковые инфекции в ротоглотке. Мокротообразующий препарат ацетилцистеин обычно вызывает симптомы тошноты и рвоты. Антибиотики при длительном небулайзерном применении могут легко вызвать лекарственную устойчивость, а также вторичные инфекции. Поэтому небулизированное лечение должно быть строго регламентированным, а не случайным.