Медикаментозный аборт вреден для организма, срок медикаментозного аборта составляет 49 дней, частота неполного аборта относительно высока, может достигать около 10%, вагинальное кровотечение более длительное, большинство из них могут быть очищены только примерно через 10 дней. При неполном аборте необходимо повторное выскабливание матки, так как эндометрий уже переполнен, отек и воспалительная реакция, при выскабливании матки на эндометрии больше повреждений, легко травмируется базальный слой, после операции есть вероятность повреждения эндометрия или образования спаек в матке, что влияет на дальнейшее течение беременности. Из-за того, что время кровотечения при медикаментозном аборте относительно велико, легко вызвать бактериальную инфекцию, также легко вызвать воспаление эндометрия, что не очень хорошо для будущей беременности, это самый прямой вред медикаментозного аборта.