В целом, риск проведения КТ головного мозга минимален. Хотя при КТ головного мозга имеет место некоторое облучение, его доза относительно мала, а доза облучения для медицинских целей приемлема и может считаться не имеющей значительных побочных эффектов на организм. КТ головного мозга иногда проводится с использованием контрастных веществ, которые в целом безопасны. Однако в некоторых случаях может возникнуть аллергия на контрастное вещество, которая обычно быстро проходит при своевременном симптоматическом лечении.