Поскольку основной причиной хронического атрофического желудочного синусита является инфекция Helicobacter pylori, основным медикаментозным лечением является эрадикация Helicobacter pylori, которая в основном представляет собой четырехстороннюю терапию, содержащую висмут, включая два антибиотика, такие как амоксициллин, кларитромицин, метронидазол, фуразантидин и т.д., но выбор антибиотиков должен осуществляться врачом-специалистом при выборе антибиотиков. В состав препаратов также входит висмут, протекторы слизистой оболочки желудка, такие как коллоидный пектин висмута и цитрат калия висмута. Существуют также ингибиторы протонной помпы, такие как омепразол, лансопразол, рабепразол и пантопразол. Образ жизни и диета должны включать легкоусвояемую пищу, отказ от курения и алкоголя, а также регулярный график работы. Симптоматическое лечение может проводиться при наличии таких симптомов, как вздутие живота, отрыжка и т.д. Можно назначить для улучшения желудочной динамики препараты, такие как домперидон, мозаприд и т.д..