Основная опасность капсульной эндоскопии заключается в том, что во время процедуры капсульный эндоскоп может застрять в какой-либо части пищеварительного тракта и не может быть выведен из организма. Чаще всего это происходит у пациентов с воспалением или язвами в пищеварительном тракте, непроходимостью или кровотечением в пищеварительном тракте, когда образуется ниша и капсульный эндоскоп застревает и не может быть извлечен. Другой распространенной причиной является врожденный порок развития пищеварительного тракта, в результате чего образуется слишком много стриктур пищеварительного тракта, и капсульный эндоскоп может застрять в одной точке. Хроническое воспаление пищеварительного тракта, опухоли в пищеварительном тракте и давление опухолей вне пищеварительного тракта также могут вызвать сужение пищеварительного тракта, что может привести к застреванию капсульного эндоскопа. После того как капсульный эндоскоп попал в организм, для его извлечения обычно требуется 2-3 дня, и за ним необходимо тщательно следить.