Диарея является основным симптомом непереносимости лактозы, и в тяжелых случаях она может привести к диарее более десятка раз в день. У большинства детей во время болезни увеличивается количество кишечных газов, и в тяжелых случаях это сопровождается спазмами в животе, вздутием или истощением, поэтому при дефекации часто выделяется небольшое количество фекалий, а стул в основном желтый и жидкий, и у небольшого числа детей также наблюдаются такие симптомы, как ретч или рвота. У небольшого числа детей наблюдаются колики, которые часто возникают во время болезни, но могут появиться и до диареи, а в тяжелых случаях непереносимости лактозы наблюдается обезвоживание, ацидоз и задержка роста.