В конце 19 века большинство ученых считали, что феномен иммунитета является лишь защитной реакцией организма на вторжение внешних инфекционных агентов, и что организм не вырабатывает антитела к собственным тканевым компонентам, что называлось иммунной толерантностью. С развитием иммунологии концепция антигенов и антител была разработана и уточнена, и современная точка зрения заключается в том, что аутоиммунная толерантность относительна. Это явление следует рассматривать как нормальную физиологическую реакцию организма. Аутоиммунными заболеваниями называют только те, при которых нарушается иммунная регуляция, вызывая неконтролируемые и чрезмерные аутоиммунные реакции, приводящие к органическим повреждениям и дисфункции. Современное лечение широкого спектра аутоиммунных заболеваний включает систематическое применение противоинфекционных препаратов, эффективных иммуносупрессивных и иммуномодулирующих препаратов (т.е. стероидов и ингибирующих белков, блокирующих действие воспалительных цитокинов). Однако, помимо сильного воздействия на нормальный иммунный ответ, эти методы лечения в некоторых случаях не смогли защитить пациентов от рецидива заболевания. В последние годы ученые изучают возможности использования стволовых клеток для лечения аутоиммунных нарушений. Обоснованием такого подхода послужила экспериментальная терапия стволовыми клетками при волчанке, ревматоидном артрите и диабете I типа. В настоящее время существует два основных вида трансплантации стволовых клеток: аутологичная трансплантация стволовых клеток и аллогенная трансплантация стволовых клеток. Общий метод так называемой аутологичной (т.е. от «себя») трансплантации стволовых клеток крови заключается в следующем: сначала пациенту делают инъекцию фактора роста, который заставляет большое количество стволовых клеток крови попасть в кровоток из костного мозга. Затем эти клетки собирают из крови, отделяют от зрелых иммунных клеток и хранят. После получения достаточного количества стволовых клеток пациента лечат цитотоксическими (убивающими клетки) препаратами и/или облучением, чтобы удалить зрелые иммунные клетки. Затем гемопоэтические стволовые клетки переливаются в циркулирующую кровь, где они мигрируют в костный мозг и начинают дифференцироваться в зрелые иммунные клетки. Затем иммунная система организма перестраивается. При таком подходе существует риск рецидива заболевания. BURT и его коллеги провели долгосрочное наблюдение (1-3 года) за семью пациентами с волчанкой, прошедшими такое лечение, и обнаружили, что у пациентов не было активной волчанки, а после трансплантации состояние продолжало улучшаться без применения иммунорезистентной терапии. Аллогенная трансплантация стволовых клеток предполагает сбор стволовых клеток из аллогенного организма путем последующего спаривания, а когда получено достаточное количество стволовых клеток, пациента лечат цитотоксическими (цитоцидными) препаратами и/или облучением для удаления зрелых иммунных клеток. Затем гемопоэтические стволовые клетки переливаются в циркулирующую кровь, где они мигрируют в костный мозг и начинают дифференцироваться в зрелые иммунные клетки. Затем иммунная система организма перестраивается. Основным недостатком этого метода является реакция отторжения.