Самым непосредственным последствием нерационального использования антибактериальных препаратов является увеличение вероятности возникновения побочных реакций, таких как желудочно-кишечные реакции в виде тошноты и рвоты, аллергические реакции в виде сыпи или анафилаксии, гематологическая токсичность в виде лейкопении, тромбоцитопении и аномальной коагуляции, а также нарушение сердечной, печеночной и почечной функций. Длительное применение антибактериальных препаратов широкого спектра действия может вызвать дисбиоз и вторичные инфекции, включая смертельные инфекции Clostridium difficile. Наиболее долгосрочным эффектом является индукция появления и колонизации резистентной флоры, которая не может быть убита ранее применявшимися антимикробными препаратами под давлением селекции антимикробных препаратов. После иммунокомпрометации, особенно у пациентов с плохо контролируемым диабетом, пожилым возрастом, длительным применением гормонов и иммуносупрессией, колонизированные резистентные организмы, вероятно, разовьются в патогенные организмы и станут ответственными за следующее возникновение инфекционного заболевания. Это может усложнить и удорожить лечение пациента и повысить риск распространения резистентных бактерий среди других людей.