Помимо эстетического воздействия, косоглазие может иметь и неблагоприятные функциональные последствия. При своевременном лечении в период развития зрения (до 12 лет), помимо исправления косоглазия, может исчезнуть косоглазие, скорректироваться искривление позвоночника и развитие лица, устраниться препятствия для развития стереоскопического зрения. Если лечение проводится после созревания остроты зрения, то оно исправит только перекос глаза, острота зрения косоглазого глаза не улучшится, также он не сможет получить функцию бинокулярной монокулярности, что окажет определенное влияние на выбор работы и профессии. Некоторые виды косоглазия связаны с дальнозоркостью и астигматизмом и могут полностью исчезнуть или уменьшиться в меньшей степени с опытом ношения очков. Существуют также некоторые виды косоглазия, которые не имеют значительной дальнозоркости или астигматизма, и когда ношение очков не помогает исправить положение глаз, для устранения проблемы необходимо оперативное хирургическое вмешательство. Если косоглазие сопровождается амблиопией, то сначала следует провести лечение амблиопии, а операцию проводить, когда зрение в обоих глазах уравновесится, чтобы закрепить эффект от операции и сохранить нормальное положение обоих глаз. Дизайн операции косоглазия является залогом ее успеха. Это нормально, когда положение глаз остается слегка перекошенным или слегка перекорректированным после операции по исправлению косоглазия. Офтальмолог повторно отрегулирует очки с учетом изменений в зрении и положении глаз после операции, чтобы закрепить результаты хирургического вмешательства. У некоторых детей после операции может остаться значительное остаточное косоглазие или может возникнуть рецидив косоглазия через несколько лет и потребуется повторная операция.