Грибковый менингит часто имеет подострое или хроническое начало, при этом типичные симптомы менингита, такие как головная боль, тошнота, помутнение зрения и даже судороги и конвульсии, появляются более чем через 2 недели. В зависимости от патогенности грибка клинические проявления могут различаться по степени тяжести. Например, более распространенный криптококковый менингит вызывает относительно слабые симптомы, и при регулярном лечении большинство пациентов могут быть полностью излечены. Однако внутричерепные поражения, вызванные Aspergillus, прогрессируют быстрее, и препараты для лечения против аспергиллеза, такие как эхинокандины и вориконазол, могут быть более эффективными.