Продолжительность гастроскопии составляет от 3 до 10 минут, в зависимости от физического состояния пациента, типа заболевания и подготовки. Процесс гастроскопии может вызвать раздражение эпигастрального хряща, пищевода и других частей тела, некоторые ткани более чувствительны. Продолжительность процедуры и время, необходимое для обследования, увеличивается по сравнению с воспалительными заболеваниями, так как биопсия гиперпластической ткани требуется пациентам с профессиональными поражениями желудка. В обычных условиях пациенту следует воздержаться от приема любой пищи в течение 8 часов или более, чтобы обеспечить беспрепятственное проведение гастроскопии и уменьшить дискомфорт, вызванный тошнотой, кислотным рефлюксом и рвотой, а также сократить продолжительность обследования.