Врач может уложить пациента в левостороннее положение с естественным изгибом тела, обнажив ягодицы. Оператор клизмы стоит рядом с пациентом и выбирает подходящую клизму, некоторые могут использовать одноразовую клизму, другие — теплую мыльную воду или физраствор, в зависимости от состояния. Оператор надевает стерильные перчатки, устанавливает клизменный баллон на определенную высоту, наливает в него жидкость, используемую для клизмы, смазывает нижний конец клизмы парафиновым маслом и медленно вводит ее вдоль ануса примерно на 8-10 см, ослабляет сосудистый зажим на верхнем конце и медленно вливает жидкость в кишечник, количество вливаемой жидкости должно определяться в зависимости от состояния пациента. В случае колоноскопии можно сделать очистительную клизму, количество которой должно обеспечить удаление остатков пищи в кишечнике.