Высокий уровень щелочной фосфатазы не обязательно вызван дефицитом кальция. Высокий уровень щелочной фосфатазы может наблюдаться у растущих детей и подростков, у женщин во время беременности или у людей, питающихся жирной пищей. Это физиологическое повышение, которое является нормальным и не требует лечения. Кроме того, причиной повышения щелочной фосфатазы могут быть заболевания гепатобилиарной системы, в основном связанные с нарушением желчеотделения вследствие обструкции желчевыводящих путей, такие как первичный рак печени, желчнокаменная болезнь, рак желчных протоков, рак головки поджелудочной железы, перипанкреатический рак, капиллярный билиарный гепатит. Однако повышенная щелочная фосфатаза действительно вызывает снижение уровня ионов кальция, но это происходит не из-за дефицита кальция, а из-за дефицита витамина D или чрезмерного разрушения костной ткани. К распространенным нарушениям относятся рахит, ахондроплазия, злокачественные новообразования костей, костные метастазы злокачественных опухолей и гиперпаратиреоз. Причину заболевания следует определять на основании симптомов, признаков и соответствующих вспомогательных исследований.