Основными побочными эффектами метотрексата являются: i. Желудочно-кишечные реакции, главным образом стоматит, язвы во рту и на губах, фарингит, тошнота, рвота, гастрит и диарея. Во-вторых, угнетение костного мозга, проявляющееся в основном в виде снижения количества лейкоцитов, также определенное влияние оказывается на тромбоциты, а в тяжелых случаях может наблюдаться снижение объема цельной крови, кожные или висцеральные кровотечения. В-третьих, большое количество разового применения может привести к повышению уровня АЛТ в сыворотке крови и развитию лекарственного гепатита; небольшое количество постоянного применения может привести к развитию цирроза печени. В-четвертых, поражение почек, характерное для высоких доз, гематурия, протеинурия, олигурия, уремия и т.д. В-пятых, алопеция, дерматит, гиперпигментация и лекарственный пневмонит. В-шестых, применение на ранних сроках беременности может вызвать тератогенез. У некоторых пациентов наблюдаются задержка менструации и гипогонадизм.