Атрезия желчевыводящих путей обычно может быть устранена только с помощью операции Гесси, и ее сложнее полностью вылечить. Операция Гесси обычно является первым выбором при билиарной атрезии. Она обычно направлена на внутрипеченочную билиарную атрезию и в основном снимает симптомы билиарной атрезии посредством билиарного анастомоза, включая удаление фиброзной массы гепатопортала, анастомоз гепатопортала с тощей кишкой, а также реконструкцию тощей кишки, что способствует восстановлению функции печени и уменьшению желтухи. Как правило, после операции желчь может отводиться плавно, но это может только облегчить состояние, а не привести к полному излечению, и это эффективно только при частичной билиарной атрезии. Перед операцией рекомендуется пройти детальное обследование. Если билиарная атрезия внепеченочная, ее обычно лечат путем резекции атретического желчного протока и реконструкции желчного протока. Эта процедура эффективна только для некоторых детей и позволяет выиграть время для следующего шага — трансплантации печени.