Существует риск возникновения расщелины губы и нёба у детей, родившихся в результате ЭКО в трех поколениях. Расщелина губы и нёба — это неонатальная расщелина лица, вызванная генетическими и экологическими факторами, приводящими к нарушению развития мезодермальных тканей губы и нёба ротовой полости плода в раннем эмбриональном периоде. Если у родителей или других ближайших родственников, использующих ЭКО, имеется расщелина губы и неба, риск развития этого заболевания у плода также повышается. Если расщелину губы и неба, вызванную генетическими аномалиями, обычно можно выявить с помощью ЭКО, то расщелину губы и неба, вызванную факторами окружающей среды, такими как воздействие радиации во время беременности, невозможно предсказать и выявить заранее, и поэтому она может возникнуть. Расщелина губы и нёба также может возникнуть при использовании методов ЭКО третьего поколения, поэтому во избежание расщелины губы и нёба рекомендуется внимательно следить за своим окружением во время беременности.