Пункция является как диагностической, так и лечебной процедурой. Она также может быть вредной и обычно проводится под местной анестезией, а также является инвазивной процедурой. Обычно во время процедуры пациент испытывает боль, которая поддерживается анестезией, но ощущается на протяжении всей процедуры. Кроме того, некоторые пациенты склонны к побочным эффектам пункции, как правило, к повреждению подкожных сосудов или нервов, а в тяжелых случаях к образованию гематом. Пациенты могут испытывать локальную боль, отек и онемение, а некоторые заболевания, такие как туберкулез или злокачественные опухоли, могут обостряться в процессе получения патологического материала через пункцию, что приводит к метастазированию опухоли или распространению туберкулеза. Пациенты с основными заболеваниями также подвержены осложнениям во время пункции, особенно сердечно-сосудистым, таким как сердечные приступы и церебральный тромбоз.