Карцинома носоглотки возникает из эпителия слизистой оболочки носоглотки, и при световой микроскопии и ультраструктуре было подтверждено, что она имеет сквамозную эпителиальную дифференцировку. Гистологическое стадирование основано на классификации носоглоточной карциномы Всемирной организации здравоохранения 2003 года и подразделяется на кератинизирующую плоскоклеточную карциному, некератинизирующую плоскоклеточную карциному и базальноклеточную плоскоклеточную карциному. Другие типы карциномы носоглотки включают аденокарциному, аденоидно-кистозную карциному, слизистую эпидермоподобную карциному и злокачественную плеоморфную аденому.