Прогестерон очень эффективен при лечении нарушений менструального цикла, вызванных лютеиновой недостаточностью, таких как укорочение менструального цикла или нерегулярные вагинальные кровотечения во второй половине менструального периода, и часто назначается после овуляции. При нарушениях менструального цикла, вызванных дефицитом эстрогенов, эффект от лечения прогестероном не очень хороший, например, менструальные выделения при лечении прогестероном не могут дать удовлетворительных результатов. При нарушениях менструального цикла в первую очередь необходимо выяснить причину, а затем проводить лечение в соответствии с ней. При преждевременной атрофии лютеинового тела, приводящей к лютеиновой недостаточности, клиника может использовать для лечения прогестерон, что позволит достичь более удовлетворительных результатов.