Обычно невозможно провести различие между гипотиреозом Хашимото и гипотиреозом в целом; оба заболевания являются гипотиреозом. Гипотиреоз Хашимото подчинен гипотиреозу, и разницы в функции щитовидной железы между ними нет. Как правило, чем выше TSH (тиреостимулирующий гормон) и чем ниже T3 (общий трийодтиронин в сыворотке крови) и T4 (общий тироксин в сыворотке крови), тем тяжелее гипотиреоз. Клинически повышенный TSH при нормальном T3 и T4 называется субклиническим гипотиреозом. Если необходимо провести различие между тяжестью заболеваний, то оно зависит от степени снижения функции щитовидной железы, а не от самих заболеваний. Болезнь Хашимото — одна из причин гипотиреоза, но не единственная. Например, подострый тиреоидит, лечение йодом-131 у пациентов с гипертиреозом, а у некоторых пациентов — удаление значительной части щитовидной железы из-за узла или опухоли могут привести к гипотиреозу. Независимо от типа гипотиреоза, его следует лечить под руководством специалиста.