Гастроскопия у детей обычно не рекомендуется, за исключением случаев наличия инородного тела или подозрений на другие возможные анатомические проблемы, которые могут уточнить гастроскопию. Обычно рекомендуется проводить гастроскопию через назогастроскоп, поскольку он относительно тонок в диаметре, около 0,6-0,8 см, по сравнению с обычным гастроскопом для взрослых, который составляет около 1,1 см, относительно толстый и не подходит для анатомии детей. Большинство гастроскопий у детей проводится путем проведения назогастроскопа через рот в пищевод, а затем в желудок для наблюдения за некоторыми состояниями, связанными с желудком, и для удаления инородных тел. Для детей с подозрением на другие возможные заболевания для помощи в диагностике и лечении может быть использована бариевая пища или КТ брюшной полости, и при необходимости гастроскопия должна быть завершена.