Нарушения менструального цикла необходимо дифференцировать с системными заболеваниями, органическими заболеваниями и синдромом поликистозных яичников. Для дифференциации с системными заболеваниями необходимо провести анализ крови, чтобы определить, является ли это заболеванием системы крови, например апластической анемией, лейкозом или тромбоцитопенической пурпурой. Для дифференциации с органическими заболеваниями следует диагностировать, не вызваны ли нарушения менструального цикла фибромиомой матки, заболеваниями шейки матки и яичников. Синдром поликистозных яичников может вызывать затяжные менструации, скудные менструации, аменорею и т.д., поэтому его также необходимо дифференцировать с этим заболеванием.