Транскраниальная магнитная терапия может проводиться однократно и прекращаться на 1 день, но не рекомендуется. Клиническая частота лечения пациентов, получающих транскраниальную магнитную терапию, составляет от 3 до 5 раз в неделю, часто 1 процедура в день. Как правило, курс транскраниальной магнитной терапии из 15-20 сеансов составляет 3-5 сеансов в неделю, часто 1 сеанс в день, с возможностью проведения дополнительного сеанса в зависимости от состояния пациента и его реакции на терапию. Изменение схемы лечения и курса терапии может быть рассмотрено при значительном изменении схемы приема лекарственных препаратов (типа или дозировки). Непрерывная транскраниальная магнитная терапия может оказывать кумулятивный терапевтический эффект, поэтому обычно пациентам рекомендуется получать ее один раз в день, а не один раз в сутки и не один раз в день. Разумеется, частота лечения может быть скорректирована в зависимости от уровня переносимости пациентом и должна определяться врачом после оценки состояния больного.