В целом, причины появления заячьей губы у детей могут быть следующими. Если у ближайших родственников ребенка, например, у родителей, есть заячья губа, то у ребенка часто развивается заячья губа из-за генетической предрасположенности. Во-вторых, если мать ребенка страдает на ранних стадиях беременности, например, краснухой, корью или облучением в течение первых трех месяцев беременности, или если мать принимает противоопухолевые или антибиотические препараты, это может вызвать у ребенка аномалии, приводящие к появлению заячьей губы или даже врожденного порока сердца.