Колоноскопия обычно занимает от пятнадцати минут до часа. Если пациент готов к сотрудничеству во время колоноскопии и у него не обнаружено никаких заболеваний кишечника, то колоноскопия займет всего около пятнадцати минут. Однако если пациент не желает сотрудничать и не полностью расслаблен, это может повлиять на продолжительность обследования. Если колоноскопия выявит заболевания, например, полипы толстой кишки, то может потребоваться колоноскопическая полипэктомия, которая займет дополнительное время, и чем больше полипов, тем больше времени она займет, возможно, до часа. Кроме того, если колоноскопия проводится безболезненно, то есть под общей анестезией, она займет больше времени, чем обычная колоноскопия, и может занять более получаса или даже более часа.