Йодоглицерин необходимо поместить в десневую борозду — щель между деснами и зубами. Глядя в зеркало, пациент может окунуть относительно острый предмет в йодоглицерин и нанести его на десневую борозду. Поскольку йодоглицерин раздражает другие слизистые оболочки полости рта, важно не контактировать с другими слизистыми оболочками при его капании. Если у пациента нет возможности сделать это самостоятельно, он может обратиться к стоматологу, чтобы тот нанес препарат. Йодоглицерин не рекомендуется для длительного применения и наносится на десневую борозду после полной чистки полости рта. Йодглицерин также можно применять пациентам, у которых развились пародонтальные абсцессы. Из-за содержания йода в глицерине важно не использовать слишком много средства за один раз, чтобы избежать отравления йодом.