Гастроскопия может быть альтернативой эзофагоскопии, и во время гастроскопии можно увидеть конкретное состояние пищевода. Гастроскопия вводится через нос или рот и осматривает пищевод перед прохождением через желудок и двенадцатиперстную кишку, поэтому гастроскопия обеспечивает лучший скрининг на эзофагит, гастрит и заболевания двенадцатиперстной кишки, а также позволяет взять биопсию патологии без необходимости дальнейшей эзофагоскопии. Эзофагоскопия обычно используется для осмотра боковой стенки пищеварительного тракта и применима только к пищеводу, тогда как гастроскопия является более комплексным и широко используемым методом. Большинство отделений чаще выбирают гастроскопию, а эзофагоскопия в настоящее время используется относительно редко.