С клинической точки зрения вероятность рецидива шоколадных кист даже после операции очень высока, однако есть люди, у которых рецидива не наблюдается, главным образом потому, что эктопический эндометрий был полностью удален во время операции, поэтому рецидива не будет. Рекомендуется после операции по поводу шоколадной кисты проводить лечение препаратом Дафна в течение 3-6 месяцев, главным образом для профилактики рецидивов. После операции необходимо регулярно делать УЗИ, чтобы знать, есть ли появление кист в локальном яичнике, и в зависимости от того, есть ли дисменорея или нет, а затем узнать, не возникает ли эндометриоз снова в других местах, и рекомендуется делать УЗИ каждые полгода, а также проводить обследование в любое время при появлении каких-либо отклонений.