Гемизиготная трансплантация костного мозга — это трансплантация, при которой в доноре и реципиенте присутствует только одна HLA-хромосома, соответствующая трансплантации костного мозга. При гемизиготной трансплантации костного мозга большинству пациентов удается найти донора, которым может быть родитель, брат или сестра и т. д. Если пациент находится в стадии ремиссии, а полностью подходящий донор недоступен, возможен вариант гемизиготной трансплантации костного мозга. Гемисовместимая трансплантация костного мозга требует повышенного внимания к возникновению отторжения трансплантата и тщательного мониторинга после лечения, с оперативным лечением любых отклонений.