Консервативное лечение в основном включает консервативное лечение и хирургическое лечение. Консервативное лечение в основном включает прием пероральных слабительных, таких как лактулоза или растительное масло, для облегчения опорожнения кишечника, или использование лекарств, таких как коркагель, чтобы вызвать опорожнение кишечника, и, при необходимости, клизмы для отхождения стула, что может помочь облегчить симптомы. Наиболее важным методом лечения врожденного мегаколона является хирургическое вмешательство, которое включает колостомию и радикальную операцию. В настоящее время радикальную операцию чаще всего рекомендуют проводить на ранних стадиях, чтобы удалить сегмент без ганглиозных клеток и часть расширенной толстой кишки, и принято считать, что радикальную операцию можно проводить, когда вес пациента превышает 3 кг.