При общей колоноскопии обычно исследуется илеоцекальная область или конец подвздошной кишки, а при тонкой колоноскопии, капсульной эндоскопии и т.д. можно исследовать и тонкую кишку. Существует множество различных типов колоноскопов, включая фиброоптическую колоноскопию, капсульную эндоскопию, малую колоноскопию с одним или двумя баллонами и т.д. При обычной колоноскопии обычно исследуются поражения толстой и прямой кишки, в основном с помощью фиброоптического электронного колоноскопа, который вводится через задний проход и в илеоцекальный или илеоцекальный конец, а колоноскопическое наблюдение за поражениями толстой кишки осуществляется в основном во время деканализации. При использовании одно- или двухбаллонных энтероскопов доступ к верхнему отделу тонкой кишки осуществляется через рот, а для завершения осмотра всей тонкой кишки требуется вторая операция — вход через задний проход и выход в нижний отдел тонкой кишки через илеоцекальный клапан. В случае капсульной эндоскопии аппарат заглатывается через рот, проходит через желудок, тонкую кишку, ободочную кишку и выводится через задний проход. Как правило, в зависимости от различных условий и потребностей пациента выбирается тот или иной режим колоноскопии, пациентам рекомендуется взвесить все «за» и «против», а затем сделать разумный выбор.