Запоры после приема пробиотиков могут быть вызваны «реакцией Гиршпрунга», то есть выделением эндотоксина при отмирании вредных бактерий в кишечном тракте, что приводит к кишечной реакции. Широко распространено мнение, что пробиотики помогают регулировать баланс кишечной флоры, способствуют размножению полезных бактерий в кишечнике, конкурируют с вредными бактериями за питательные вещества и жизненное пространство в кишечнике, а также подавляют рост вредных бактерий. Вредные бактерии при гибели выделяют эндотоксины, что может привести к усилению реакции кишечника — явлению, известному как «реакция Гиршпрунга». Реакция Гиршпрунга обычно не является тяжелой, и прием пробиотиков можно сократить, а затем постепенно увеличивать, когда симптомы утихнут. Если симптомы не улучшаются или продолжают ухудшаться, необходимо обратиться к врачу, чтобы проверить наличие других заболеваний.