Общая анестезия при колоноскопии обычно не повреждает мозг, но возможны несчастные случаи при анестезии и хирургические риски. Общая анестезия при колоноскопии воспринимается как безболезненная колоноскопия, и анестетик не влияет на мозг. Однако анестетики часто имеют определенные побочные эффекты: после прекращения действия анестезии остатки анестезирующих препаратов могут вызывать головокружение, головную боль и другие неприятные ощущения. Возможен несчастный случай при анестезии, но вероятность этого относительно мала. Однако, относительно говоря, при колоноскопии под общим наркозом боль пациента относительно невелика, пациент во время всего процесса обычно не чувствует явной боли, в процессе обследования возможны операционные ошибки, провоцирующие риск перфорации или кровотечения. Кроме того, при энтероскопии перед проведением исследования под общим наркозом необходимо сначала лечь в больницу, вместе с врачом провести соответствующую предтестовую подготовку проекта, проверить анестезию и хирургические противопоказания.